U okviru SERDA-e djeluje pet sektora:
Poslovanje SERDA-om vodi direktor koji organizuje i rukovodi procesom rada, zastupa i predstavlja Agenciju. Trenutno SERDA ima 18 uposlenika na operativnim i projektnim aktivnostima.
Skupštinu SERDA-e čine svi njeni članovi - 35, a predstavljaju ih njihovi zastupnici, odnosno punomoćnici.
Nadzorni odbor SERDA-e čini 5 članova iz reda predstavnika privrednika, predstavnika osnivača i predstavnika nevladinih organizacija i naučnih radnika, čiji mandat traje četiri godine.
Članovi su:
Odbor za reviziju SERDA-e čine 3 člana iz reda predstavnika osnivača.
Članovi su:
Uposlenici SERDA-e na operativnim i projektnim aktivnostima:
| # | Ime i prezime | Pozicija |
|---|---|---|
| 1. | Sanela Dževlan | Direktorica |
| 2. | Faruk Cerić | Pomoćnik direktora i Šef Sektora za održivi razvoj i inovacije - senior menadžer |
| 3. | Hanifa Ramović | Šef Sektora za finansijske, pravne i opće poslove - senior menadžer |
| 4. | Harun Rizvanbegović | Šef Sektora za poslovni razvoj - senior menadžer |
| 5. | Asmir Kosovac | Koordinator Odjela za bilateralnu saradnju - program menadžer |
| 6. | Amela Ikić Suljagić | Koordinator Odjela za projekte transnacionalne saradnje - program menadžer |
| 7. | Aida Džamalija Duran | Koordinator Odjela za projekte prekogranične saradnje - program menadžer |
| 8. | Zlatan Saračević | Koordinator Odjela za razvoj kompetencija i cjeloživotno učenje - program menadžer |
| 9. | Maja Lukić Grabovac | Koordinator Odjela za energijsku efikasnost i obnovljive izvore energije - program menadžer |
| 10. | Saneta Trnka | Stručni saradnik za poslovnu infrastrukturu, investicije i saradnju sa dijasporom |
| 11. | Naza Kokot | Stručni saradnik za upravljanje ljudskim resursima, pravne poslove i javne nabavke |
| 12. | Elma Muzaferija | Stručni saradnik za finansije i računovodstvo |
| 13. | Ajla Isović | Stručni saradnik za razvoj tržišta i internacionalizaciju |
| 14. | Dunja Katić | Stručni saradnik za finansijsko upravljanje i projektno izvještavanje |
| 15. | Džejna Branković | Stručni saradnik za promociju i grafički dizajn |
| 16. | Sanja Ismailović | Saradnik za finansije i računovodstvo |
| 17. | Bekir Gluhović | Asistent Direktora |
| 18. | Aida Dautović | Higijeničar, kafe serviser |